W 1239 roku Bela V. udzielił arcybiskupowi Robertowi pozwolenia na założenie miasta u podnóża Góry Pałacowo-zamkowej, gdzie mieszkają jego słudzy. W ten sposób obok Miasta Królewskiego powstaje Miasto Małe, Wodne, Śródmieście czy Dolne. Prawdopodobnie już w czasie natarcia tatarskiego był otoczony rowami i palisadami.
Wśród średniowiecznych kościołów Miasta Wodnego znany jest kościół parafialny Św. László, który prawdopodobnie stał już w momencie założenia miasta. Visitatio canonica z 1701 roku podaje, że po wypędzeniu Turków (1683) meczet zamieniono na kościół dla wiernych. Według niektórych był to wcześniejszy starożytny kościół parafialny Św. László.
Po wypędzeniu Turków pojawili się jezuici. Przy wsparciu arcybiskupa György Széchenyi zbudowano Liceum, klasztor i kościół ku czci Św. Ignacego Loyola, kościół który został konsekrowany przez biskupa Vác-ski Althanna Michael’a w 1738 roku.
Po rozpadu (1773) zakonu jezuitów kościół ten stał się kościołem parafialnym Miasta Wodnego. Od 1685 roku pastorami Miasta Wodnego byli kanonicy z miasta Nagyszombat, którzy nie tylko opiekowali się parafią, ale przez długi czas przy pomocy jezuitów i franciszkanów opiekowali się zamkiem, miastem królewskim i Párkány.
Od 1820 roku, kiedy książę prymas Sándor Rudnay powrócił do Ostrzyhomia, kościół parafialny Miasta Wodnego pełnił rolę katedry arcybiskupskej aż do konsekracji Bazyliki w1856 roku. W czasie II wojny światowej w wyniku kilku trafień bombowych zawalił się strop kościoła, a jego wyposażenie uległo całkowitemu zniszczeniu.
Został odbudowany w latach 1957-1958 przy pomocy Międzynarodowych Katolickich Organizacji Charytatywnych.
W latach 80-tych XX wieku otrzymała nowy dach, a następnie odrestaurowano malowanie wnętrz, zachowując pozostałe oryginalne krucyfiksy ze sztucznego marmuru. Marmurowy ołtarz, wykonany z darowizny wiernych, poświęcił z miasta Kalocsa arcybiskup József Grósz 30 listopada 1958 roku.
Pomnik Marii znajdujący się naprzeciwko wejścia do kościoła powstał w 1740 roku dla upamiętnienia zarazy z 1739 r.
Monumentalny kościół, będący jednym z najwybitniejszych zabytków włoskiej architektury barokowej, został odnowiony w 2012 roku. Między innymi zamiast zegarów na wieży dodano pomalowane tarcze zegarów, te osiem tarcz zegarów wskazuje 3 minuty po godzinie 12:30. Na wierzchołku złamanej krzywy szczytu stoi posąg Św. Ignac’a Loyola.
Powierzchnia kondygnacyjna jednonawowego kościoła wynosi blisko 400 m². Nawa i oltarz świątyni posiadają sklepinie kopulaste, portyk od strony wejściowej jest ceglawsty. Obraz w głównym ołtarzu przedstawiający uwielbienie i cuda Św. Ignacego namalował Martino Altomonte w 1737 roku.
Wyspa, Wzgórze Pałacowo-zamkowe i centrum miasta znajdują się zaledwie kilka minut spacerem od kościoła. Muzea Wodnego Miasta sąsiadują z kościołem, oraz Muzeum Chrześcijańskie i Muzeum MNM Bálint’a Balassa są także „mieszkańcami” placu József’a Mindszenty’ego.
