V roku 1239 dal Belo V., arcibiskupovi Róbertovi povolenie na založenie mesta pri úpätí Hradného vrchu, kde žilo jeho služobníctvo. Tak vzniklo popri kráľovskom meste aj Malé, Vodné, Vnútorné či Dolné mesto. Pravdepodobne už počas tatárskych útokov bol obklopený priekopami a palisádami.
Zo stredovekých kostolov Vodného mesta je známy farský kostol svätého Ladislava, ktorý pravdepodobne stál už pri založení mesta. Visitatio canonica z roku 1701 uvádza, že po vyhnaní Turkov (1683) bola pre veriacich jedna mešita premenená na kostol. Podľa istých názorov to bol predtým starobylý farský kostol sv. Ladislava.
Po vyhnaní Turkov sa objavili jezuiti. S podporou arcibiskupa Györgya Széchenyiho postavili na počesť svätého Ignáca z Loyolytelocvičňu, kláštor a kostol, ktorý v roku 1738 vysvätil biskup Althann Mihály Váci.
Po zrušení jezuitského rádu (1773) sa tento kostol stal farským kostolom Vodného mesta. Od roku 1685 boli farármi vo Vodnom meste kanonici z Trnavy, ktorí sa starali nielen o farnosť, ale s pomocou jezuitov a františkánov sadlhší čas starali aj o Hrad, kráľovské mesto a susedné mesto Párkány (dnešné Štúrovo).
Od roku 1820, keď sa arcibiskup Alexander Rudnay presťahoval späť do Ostrihomu, plnil farský kostol vo Vodnom meste úlohu arcibiskupského chrámu až do roku 1856, kedy bola bazilika vysvätená. Počas druhej svetovej vojny sa v dôsledku niekoľkých bombových útokov zrútil strop kostola a jeho zariadenie bolo úplne zničené. V rokoch 1957 až 1958 za pomoci Medzinárodnej katolíckej charity bol prestavaný.V 80-tych rokoch minulého storočia dostal novú strechu, neskôr bola zreštaurovaná jeho vnútorná maľba, pričom sa zachovali pôvodné kríže z umelého mramoru. Mramorový oltár, vyrobený z milodarov veriacich, posvätil kaločský arcibiskup Jozef Grósz 30. novembra 1958.
Socha Márie, oproti vchodu do kostola bola vyrobená v roku 1740 na pamiatku morovej epidémie z roku 1739. Monumentálny kostol, ktorý patrí k výnimočným pamiatkam talianskej barokovej architektúry, bol opäť zrekonštruovaný v roku 2012. Okrem iného namiesto vežových hodín pribudli maľované ciferníky.Týchto osem ciferníkov ukazuje 3 minúty po 11:30. Na vrchole lomeného štítu stojí socha svätého Ignáca z Loyoly. Podlahová plocha jednoloďového kostola je rozlohou takmer 400 m². Loď a klenba sú zaklenuté českým sklom, klenba na vstupnej strane je murovaná. Hlavný oltárny obraz zobrazujúci oslávenie a zázraky svätého Ignáca namaľoval Martino Altomonte v roku 1737.
Ostrov, hradný vrch a centrum mesta sú od kostola vzdialené len pár minút chôdze. S kostolom susedia známe múzeá Vodného mesta.,,Obyvateľmi“ námestia Mindszenty sú Kresťanské múzeum a Múzeum Bálinta Balassu.
